Pada awalnya desa Panjoka hanya sebagai area pertanian dalam bentuk ladang dan sawah yaitu suatu lahan yang pertama-tama ditemukan oleh Zending Belanda yang pada saat itu berada di desa Panjoka. Pada Tahun 1943, sebagian besar warga masyarakat desa Panjoka harus meninggalkan desa dan datang  untuk mencari lahan pertanian karena lahan di desa Panjoka sangat terbatas. Mereka menemukan tempat yang baik dan subur di sebelah timur, lahan yan gbaik untuk persawahan karena terdapat beberapa sumber mata air yang dapat digunakan untuk mengairi tanah persawahan. Warga masyarakat Panjoka mulai membuka lahan dalam bentuk ladang dan sawah.

Pada tahun 1945 saat Zending telah pergi, Kepala Desa Panjoka memberi perintah agar semua warga Panjoka harus kembali ke desa Panjoka daerah asal dengan maksud menata kembali kehidupan masyarakat dan kembali mengelola areal persawahan. Namun ada 5 tokoh masyarakat yang memilih tetap bertahan dan tinggal mengolah ladang dan sawah, dengan alasan bahwa lahan pertanian yang baru ini sangat menjanjikan untuk diolah. Saat itu mereka berdiam di satu gunung kecil ayng dikelilingi sawah dan tempat itulah yang bernama Panjoka atau Pongku Kodi artinya "Gunung Kecil" dan itulah daerah pertama sebelum desa Panjoka berdiri.

Kemudian pada Tahun 1948 sekitar 20 Kepala Keluarga memutuskan masuk ke desa Panjoka dan dua tahun kemudian tepatnya pada Tahun 1950 terbentuklah Dusun Panjoka yang saat itu dipimpin Bapak P. Pamusu sebagai Kepala Dusun. Namun penamaan dusun saat itu adalah Molanto Dago karena Kepala Dusun mengakui atas perjuangan merekalah maka dusun itu bisa berdiri dan kesuburan tanah telah memberikan hasil yang baik bagi pertanian. Namun nama Molanto Dago kurang populer di kalangan masyarakat tapi kata yang sering disebut adalah Panjo, yang berarti Tanjung, karena adanya pertemuan sungai Pesi dan Sungai Topaku, kemudian dengan pertimbangan sudah ada yang menggunakan nama Panjo di daerah Pendolo maka pemukiman itu kembali dinamakan Panjoka. Setelah 2 tahun kemudian pada tanggal 27 Januari 1952 Dusun Panjoka resmi menjadi Desa Definitif dengan nama Desa Panjoka dan yang menjadi kepala desa pada saat itu adalah Bapak L. Ladjamba.
Demikian sepintas sejarah desa Panjoka.